En el Oligoceno toda la zona quedó cubierta por un amplio lago que duró casi hasta el Cuaternario y en el que se
depositaron distintos materiales. Los depósitos son de gran espesor debido la fuerte subsidencia y su naturaleza
varió a lo largo del tiempo. Comenzó con arcillas, margas y yesos; posteriormente, en el tránsito al Mioceno y debido
al levantamiento del Pirineo, se originaron depósitos de conglomerados discordantes con los depósitos anteriores en el
borde norte de la zona, mientras que en el resto se siguieron depositando margas y yesos. Durante el Mioceno la
situación fue semejante, aunque en este caso el Sistema Ibérico también proporcionó materiales (conglomerados de Fitero).
En el Cuaternario aparecen glacis y terrazas escalonadas que ocupan bastante extensión en el Ebro y en los cursos bajos
del Ega, Arga y Aragón. Cuando las terrazas se encuentran sobre niveles de yesos, la extrusión de éstos, dada su
plasticidad, suele producir la deformación de las mismas.
En cuanto a la estructura de esta zona, el borde septentrional se encuentra afectado por el cabalgamiento del Mesozoico
y Terciario marino de las zonas geológicas ya descritas. El elemento fundamental de la tectónica de toda la zona lo
constituyen los yesos y las sales que han originado, por halocinesis, los grandes anticlinales de Andosilla, Falces,
Tafalla y Puente la Reina. El borde meridional está cabalgado por el Sistema Ibérico.
Por último, los
Macizos Paleozoicos tienen poca relación estructural con las zonas anteriores y son los de
Aia-Bortziriak/Cinco Villas, kintoa/Quinto Real-Alduides y Oroz Betelu. El Paleozoico, que forma la zona axial del Pirineo,
se sumerge paulatinamente hacia el oeste, sin llegar a Navarra. Sin embargo, aquí vuelve a emerger de modo discontinuo,
formando tres unidades, que son los macizos citados (el de Oroz Betelu de muy pequeña extensión). Estructuralmente son
muy complicados, ya que a las deformaciones hercínicas se han venido a superponer las dislocaciones posteriores.
La estratigrafía de esta zona es bastante compleja. Los terrenos más antiguos de Navarra son del Ordovícico y
afloran en Luzaide/Valcarlos, continuando toda la serie estratigráfica hasta el Keuper antes mencionado, con rocas tanto
sedimentarias, como coladas de basaltos espilíticos.
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